2021年获批交通运输硕士专业学位授权点。2023年开始交通运输专业学位硕士研究生招生，招生方向分为交通运输系统优化、道路交通安全与保障技术和载运工具性能优化。现有硕士研究生导师33人，研究生工作站2个。学院与江苏省产业技术研究院、江苏省农业科学研究院、中路交科科技股份有限公司等大院名企开展研究生联合培养“1+2”模式。拥有国家级车辆与交通虚拟仿真实验教学中心、江苏省交通运输与安全保障重点实验室、江苏省交通碳排放检测与评估技术工程研究中心、江苏省车辆与交通实验教学示范中心、江苏省车辆与交通虚拟仿真实验教学共享平台等国家级、省级教科研平台和淮安市电动汽车与节能技术重点实验室等多个市级平台，教学科研设备总值2800余万元。